Hier sind in erster Linie gefärbte Moleküle der Atmungskette zu nennen, wie Flavoproteine und Cytochrome. Daraus resultiert eine Steigerung der Aktivität des Energiestoffwechsels, was als „Biostimulation“ bezeichnet wird.

Die Anregung des Energiestoffwechsels in der Atmungskette der Zelle äußert sich auch in einer schnelleren Abheilung von Gewebeläsionen. Dies geschieht unabhängig von den thermischen Wirkungen des Laserlichtes.